今回の口蹄疫の最初の発生地である慶尚北道安東市（キョンサンブクド・アンドンシ）の口蹄疫ウィルスは、ベトナムの口蹄疫ウィルスとは違うという主張が提起された。政府は、安東の養豚農場主が口蹄疫発生前にベトナムを旅行してきたことに注目して疫学調査を進めてきた。
野党民主党の李春錫（イ・チュンソク）議員は１４日、英国の動物保健研究所による安東口蹄疫ウィルス遺伝子検査報告書を公開し、「検査結果、安東ウィルスはベトナム・ウィルスと関係がなかったのだが、政府がこれを隠蔽して畜産農家に口蹄疫の責任を転嫁した」と主張した。
国立獣医科学検疫院は昨年１１月２８日、安東で口蹄疫ウィルスの試料を採取して英国の動物保健研究所に分析を依頼した。同研究所は、世界動物保健機構と国際食料農業機関の口蹄疫公式標準実験室だ。
李議員は、「英国の動物保健研究所が、二日後に韓国に送った分析結果には、安東ウィルスがベトナム・ウィルスと同じだという内容はどこにもない」とし、「むしろ安東ウィルスは、昨年香港とロシアで発生した口蹄疫ウィルスと９８．９〜９９．０６％一致していた」と話した。
これに対して農林水産食品部は、「安東口蹄疫ウィルスは、香港やロシアだけでなく、日本やベトナムで報告された口蹄疫ウィルスとも９８．５９％以上一致した」と釈明した。
さらに、同部は「ベトナムとの関連性が高いと見たのは、最初に口蹄疫が発生した安東の養豚団地の農業主が昨年１１月初め、ベトナムを旅行した後、消毒せずに農場に入ったことと、口蹄疫潜伏期などを総合的に考慮した判断したものだ」と加えた。
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